La mise en place du Nouveau partenariat pour le développement de l'Afrique a exigé, pour essayer d'assurer un succès à ce projet, l'établissement d'un socle institutionnel de gestion des plus souples, mais qui se veut aussi des plus efficaces.
Ainsi, quatre principales instances forment le noyau dirigeant du Nepad. Ce sont : le Sommet des chefs d'Etats de l'Union africaine, le Comité des chefs d'Etats chargés de la mise en oeuvre comprenant 20 chefs d'Etats (les pères fondateurs et trois chefs d'Etats par région, Paul Biya en fait partie), le Comité de pilotage qui regroupe des représentants des chefs d'Etats (Justin Ndioro y siège pour le compte du Cameroun) et dont le bureau est présidé par les membres fondateurs (Afrique du sud, Algérie, Egypte, Nigeria et Sénégal). Un secrétariat permanent basé en Afrique du sud. Il existe aussi à côté de ces outils de gestion, un comité technique qui se réunit dès que le besoin se fait sentir, pour résoudre des questions techniques. Ce sont ces structures qui doivent asseoir la politique du Nepad qui s'appuie sur trois variables fondamentales à savoir, la bonne gouvernance politique et économique, " l'intégration économique et la création d'espaces optimaux capables de rentabiliser les investissement et produire des économies d'échelles ".
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