Alors que, par le passé, l'Etat jouait simultanément tous les rôles, l'organisation actuelle des systèmes de santé va vers une plus grande spécialisation. Dans notre pays, la pratique du recouvrement des coûts, l'Initiative de Bamako, va enclencher le processus de séparation des fonctions de prestation et de financement des services de santé, entre prestataires et comités de santé. Mais cette séparation reste encore embryonnaire puisque organisée au sein de la même formation sanitaire.
On note aussi une évolution de la fonction managériale. Dans les formes les plus habituelles d'organisation, l'Etat-propriétaire exerçait la fonction de management ; il dirigeait l'établissement puisqu'il en était le 'propriétaire'. Avec l'émergence des statuts conférant la personnalité morale à des établissements relevant du secteur public, apparaît la notion de Conseil d'administration, avec une double implication. Tout d'abord, au sein de l'établissement sanitaire naît le Conseil d'administration, une entité qui est chargée de définir les orientations politiques de l'établissement, d'approuver la gestion et de déterminer les actions à mener. D'autre part, cette entité dont les membres viennent d'horizons très divers (associations d'usagers, population, municipalités, personnel de l'établissement) n'assure pas la gestion quotidienne de l'établissement sanitaire, qui est confiée à une direction exécutive.
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