Contrairement au format habituel, les éliminatoires pour la CAN 2013 en Afrique du sud se dérouleront selon un système de matches aller-retour à élimination directe.Qualifiés pour le 3e tour : Algérie, Cameroun, Cap-Vert, Ethiopie Liberia, Malawi, Mozambique, Nigeria, Ouganda, RD Congo, Sierra Léone, Togo, Zimbabwe

Qualifiés d'office pour le 3e tour : Angola, Botswana, Burkina Faso, Guinée Équatoriale, Gabon, Ghana, Guinée, Côte d'Ivoire, Libye, Mali, Maroc, Niger, Sénégal, Soudan, Tunisie, Zambie.

Les équipes ayant participé à la CAN 2012 n'auront que deux matches à disputer pour se qualifier à la CAN 2013. Un tirage au sort réunira les 14 vainqueurs du premier tour et les 16 pays qualifiés pour la CAN 2012 pour mettre en place 15 rencontres par matches-aller et retour. Le tirage au sort sera effectué la première semaine du mois de juillet. Les matches-aller auront lieu du 7 au 9 septembre 2012 tandis que les matches-retour se disputeront entre les 12 et 14 octobre 2012. Les gagnants seront qualifiés pour la CAN 2013 en Afrique du Sud.