Les bases des relations diplomatiques entre le Burkina Faso et la Mauritanie ont été établies durant la période d'indépendance des deux Etats. Et c'est le Burkina Faso qui a fait le premier pas, étant donné qu'il a acquis son indépendance avant la Mauritanie. Ces relations ont pris racines dans le douloureux passé colonial des deux pays.
Tous membres de l'Afrique occidentale française (AOF), les deux Etats vont mutuellement se soutenir dans leur quête à l'autodétermination. En 1960, la Haute-volta, actuel Burkina Faso, accède à son indépendance. Négociant en groupe, dans le cadre du Conseil de l'entente (Côte d'Ivoire, Bénin, Niger et Togo), le «pays des hommes intègres» accède à son indépendance «assez facilement» dès le 5 août. Tel n'est pas le cas de la Mauritanie. Lorsque les leaders de Nouakchott ont entamé des démarches pour faire de la Mauritanie un pays autonome vis-à-vis de la France, le Maroc s'y est opposé. Le roi Mohamed V voulait que la Mauritanie se défasse du joug colonial français. Car le royaume chérifien revendiquait les territoires mauritaniens sur lesquels il avait une mainmise à une certaine époque de son histoire.
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