La situation financière de l'Etablissement Public de Santé(EPS) est notamment marquée par la faiblesse de sa dette, arrêtée à 29 734 915 francs CFA et constituée uniquement des créances des fournisseurs. C'est le principal enseignement de la situation de l'exécution budgétaire des établissements publics de santé réalisé par le ministère des finances.
Sur un autre plan, le budget du CHNU FANN est arrêté à 5 744 200 000 francs CFA dont les transferts attendus de l'Etat représentent 20,6% pour un montant de 1 183 565 000 francs CFA. Les crédits ouverts pour l'investissement s'élèvent à 1 140 000 000 francs CFA, soit 19,85% du budget, alors que le financement des activités courantes pour l'exercice 2016 est prévu pour un montant de 4 604 200 000 francs CFA, représentant 80,15% des prévisions totales. Les dépenses de personnel sont couvertes pour un montant de 2 188 600 000 francs CFA, soit 47,53% du budget de fonctionnement.
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