Au lendemain du recouvrement de son indépendance en 1960, Madagascar s'ouvre à des relations diplomatiques avec de nombreux États.
Mais avec le Vatican, la Grande ile célèbre le cinquantenaire de ces relations en 1967. En revanche, la présence des missionnaires catholiques dans la Grande ile remonte à plus de trois cents ans. Les premiers envoyés au Fort Dauphin par saint Vincent de Paul, Nacquart et Gondrée, s'embarquent à La Rochelle, le 28 mai 1648. Ils arrivent à destination, le 4 décembre, après six mois de voyage dans des conditions des plus inconfortables. D'après le père A. Engelvin, les premiers colons qu'ils accompagnent, n'y trouvent guère la Terre promise, « où coulaient le lait et le miel comme en la terre de Canaan ». Pourtant, il n'en manque pas, à quelques kilomètres du fort Dauphin. Là se trouve une région fertile et boisée qui s'appelle précisément Manantantely, qui a du miel.
Quant au lait, les troupeaux bovins sont assez nombreux pour leur en fournir à satiété. « Les raisons de ce marasme résident sans doute dans la façon dont Pronis, Flacourt et leurs successeurs comprenaient la colonisation. » Pour décrire ces premiers colons, le père Engelvin écrit : « Ce sont des gens ramassés çà et là, libertins qui sont envoyés la plupart en ce pays par leurs parents qui n'en savent que faire, ou y sont venus d'eux-mêmes par débauche ou curiosité. Se voyant trompés dans leurs espérances de voir un bon pays, ils ne font que maudire l'heure d'y être venus ; et encore, quand leur temps est achevé, il faut demeurer encore autant, faute qu'il ne vient pas de navire les retirer, comme on le leur avait promis. Je vous laisse penser quelle vie ils menaient en ce désespoir, en un pays où ils ont si grande facilité de se laisser aller à la corruption de la nature. » Même Pronis puis Flacourt ont du mal à les gouverner.
Le calvaire des missionnaires commence alors et « les stations douloureuses vont se multiplier indéfiniment », commente le père Engelvin. Il parle alors d'un « homme d'énergie », Vacher de la Case, qui fuit dans l'Ambolo où il épouse la fille du roi. Ce fugitif devient tantôt une menace, tantôt une aide pour les gouverneurs du fort Dauphin. Un autre, Leroy, lieutenant de Pronis, s'en va avec vingt-deux hommes jusqu'à Saint-Augustin, sur la côté Ouest, espérant y trouver un navire pour repartir en France.
Et la plupart, lâchés à travers le pays, « fonçaient sur quiconque s'opposait à leurs déprédations ». Nacquart et Gondrée sont les aumôniers de cette colonie de « gens qui ne paient que d'ingratitude et de calomnie », diront-ils. Ils tentent de tourner leur zèle apostolique vers les autochtones qui offrent des dispositions plus attirantes. Et encore, « Flacourt ne le leur promit-il que lorsqu'il vit Nacquart prêt à s'embarquer pour aller rendre compte de leur situation en France». Mais ils sont bientôt épuisés de courir de village en village, sans nourriture réconfortante et même sans remèdes dans un pays qui suintent la fièvre.
Le père Gondrée meurt de fatigue et de fièvre, le 16 mai 1649, au retour d'un voyage à Fanjahira, en répétant dans son délire : « Oui da ! Messieurs, je vous en appelle à témoins si j'ai tout quitté en France et fait 6 000 lieues sur mer avant d'arriver ici avec tant de peines, ce n'est que pour la conversion de ces pauvres gens. » Nacquart le suit « dans la Mission du Ciel », un an plus tard, le 29 mai 1650. En moins de deux ans de présence à Fort Dauphin, ce dernier baptise soixante-dix-sept autochtones, traduit en malgache un petit catéchisme et les principales prières. Flacourt lui rendra ce témoignage : « Feu M. Nacquart, se voyant seul, se laissa emporter à son zèle et hasarda sa vie pour convertir ces pauvres insulaires...
C'était un homme de bon esprit, zélé pour la religion et qui vivait exemplairement bien et a été de nous fort regretté. » Fort-Dauphin va rester quatre ans sans prêtre. Flacourt gouverne la Colonie avec plus de sagesse que son prédécesseur, étant membre participant de la Société de l'Orient. Il fait revenir les fugitifs de Saint-Augustin et les déportés de Bourbon. Mais il n'est pas d'un caractère assez patient pour supporter l'hostilité qui couve dans le coeur des Malgaches et la force d'inertie trop souvent opposée à des ordres par les roitelets du pays. Pour vivre et exporter, la Colonie doit alors recourir aux guerres et aux razzias qui s'ensuivent. « Les apôtres de la paix vinrent donc encore une fois brandir inutilement les palmes d'olivier entre les camps français et malgache. »
