Les deux grandes routes, de l'Ouest et de l'Est, sont achevées en 1901-1902. La direction des Travaux publics « aurait dû donner une vive impulsion aux travaux en cours d'exécution », pensent des responsables de cette direction.
Mais il n'en est rien car, de 1903 à 1906, l'objectif essentiel du gouvernement général reste la poursuite du chemin de fer Tananarive-côte Est. Toutefois, c'est durant cette deuxième période de construction du réseau routier que se termine un chemin charretier reliant Fianarantsoa-Mananjary, port préféré à Mahatsara, pour débarquer les marchandises arrivant par mer. Cette piste n'est pas empierrée bien que son tracé présente des courbes et des rampes beaucoup plus accentuées que sur la Route de l'Est et traverse la forêt sur plus de 60 km. Dans ces conditions, l'inévitable se produit.
« La chaussée détrempée ne peut supporter un roulage continu et se dégrade rapidement. » Il faut donc l'empierrer, ce qui est réalisé en 1903 et 1904, sur une largeur de 1m50. Cela ne suffit pas à assurer le passage des véhicules lourds, dont le poids en charge doit être limité à 500 kg. « La route n'était plus désormais en état de répondre à ce qu'on attendait d'elle et l'économie du Betsileo n'enregistre pas l'amélioration escomptée. » La Route du Sud, amorcée durant la première période (1895-1902), comprend la construction des premiers tronçons de route devant relier Fianarantsoa, capitale du Betsileo, à Antananarivo et à Mananjary.
Les deux tronçons extrêmes sont achevés l'un sur 65 km d'Antananarivo à Ambatolampy, dont 50 km carrossables, et l'autre, de 24 km, de Fianarantsoa à Alakamisy. En outre, 160 km de plateforme sont entreprises sur la même route en 1905-1906. De 1903 à 1906 également, la construction des voies Antananarivo- Miarinarivo et Toamasina-Ivoloina, débutée au cours de la précédente période, se poursuit. Durant ces deux premières périodes, les travaux sont entamés « sans aucun plan rationnel d'ensemble ».
Dans ses constructions de 1901, le général Joseph Gallieni trace alors un premier programme, mais c'est resté insuffisant. Aussi, dès son arrivée, le gouverneur général Augagneur élabore-t-il un vaste programme de construction qui répartit les routes en voies d'intérêt général (RIG) qui partent du coeur du pays pour aboutir aux ports d'évacuation ; et en voies d'intérêt régional (RIR) qui se ramifient dans les provinces pour évacuer les produits, soit sur le chemin de fer, soit sur les RIG. Comme il se doit, on s'attarde d'abord aux grandes voies de communications.
Entre Fianarantsoa et Mananjary en 1910, 2 millions de francs français sont dépensés et une route de 200 km, analogue à la Route de l'Est, est opérationnelle. « Le Betsileo respirait ! » En même temps, sur la Route du Sud, les travaux se poursuivent sur les tronçons existants entre Antananarivo et Fianarantsoa, et en 1908, les travaux à exécuter sont mis en adjudication. Enfin, vers l'Ouest, d'Antananarivo à Maevatanàna, la route ouverte en 1901 est peu à peu abandonnée et, fin 1906, elle est devenue « insensiblement impraticable».
Seuls quelques ponts en bois sont remplacés par des ponts métalliques durant l'année 1905. « C'est donc à un très gros travail qu'il fallut de nouveau s'attaquer, mais on s'y employa avec énergie. » En 1907, la chaussée est élargie, l'empierrement poursuivi sur de nombreux tronçons, des fossés creusés, des dalots construits. Le nombre de ponts qui s'élève à 121 à l'ouverture de la route, est ramené à 59 qui totalisent 920 mètres. Dès aout 1909, un service de transports automobiles est établi.
