Afrique: Intensification du séquençage génomique en Afrique

Brazzaville — La pandémie de COVID-19 a eu des conséquences catastrophiques sur les vies et les moyens de subsistance, mais elle a aussi stimulé la recherche scientifique qui a permis au monde d'avoir des vaccins en un temps record, en plaçant le séquençage génomique au centre de la riposte.

Le virus responsable de la COVID-19 a rapidement été identifié dans le monde entier et des tests diagnostiques, ainsi que d'autres outils de riposte, ont été mis au point grâce au séquençage génomique qui demeure une solution essentielle pour surveiller l'évolution de la COVID-19 et déterminer les variants préoccupants.

En Afrique, l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) œuvre avec les pays non seulement pour intensifier la surveillance des agents pathogènes grâce au séquençage du génome, mais également pour répertorier rapidement les variants du virus de la COVID-19 et organiser une riposte appropriée. En 2020, l'OMS et le CDC Afrique ont institué un réseau de laboratoires pour le séquençage du SRAS-CoV-2 en Afrique. Ce réseau a déjà produit plus de 43 000 données de séquençage.

Le Bureau régional de l'OMS pour l'Afrique collabore avec le South African National Bioinformatics Institute (l'Institut national sud-africain de bio-informatique) afin d'installer le centre régional d'excellence pour la surveillance génomique et la bio-informatique au Cap, en Afrique du Sud. L'OMS fournit un appui technique, de même qu'une enveloppe de plus de 4,5 millions de dollars pour financer les opérations qui seront menées dans la Communauté de développement de l'Afrique australe au cours des six premiers mois. Dans un premier temps, le centre soutiendra 14 pays d'Afrique australe, en multipliant par cinq leurs capacités de séquençage mensuelles, avant d'élargir son action à d'autres pays.

« Le séquençage génomique trace clairement la voie qui nous permettra de suivre le virus de la COVID-19, de surveiller les mutations susceptibles de générer de nouveaux variants, et d'organiser une riposte efficace et rapide contre un plus grand nombre de variants infectieux », souligne la Dre Nicksy Gumede-Moeletsi, virologue au Bureau régional de l'OMS pour l'Afrique. « Le centre régional donnera au pays la possibilité d'avoir un coup d'avance sur le virus ».

L'OMS recommande aux pays d'envoyer au moins 5 % de leurs échantillons prélevés sur des patients atteints de COVID-19 au laboratoire de séquençage de référence, ou de continuer à produire des données de séquençage s'ils en ont la capacité. L'Afrique ne représente actuellement que 1 % des plus de 3,5 millions de séquences du virus de la COVID-19 réalisées à ce jour dans le monde.

Depuis le début des opérations préliminaires au centre régional sud-africain, en juillet, les activités de séquençage génomique ont quadruplé en Afrique australe. Au premier semestre 2021, les pays de cette partie du continent avaient séquencé 5510 échantillons, contre 24 000 échantillons en ce moment. Grâce à ce processus, les pays ont pu détecter la présence de variants préoccupants et comprendre leurs effets, surtout en ce qui concerne le variant Delta qui est de 30 % à 60 % plus transmissible et qui est considéré comme le plus contagieux.

Depuis le début de la pandémie, les pays africains s'efforcent d'intégrer le séquençage génomique et la surveillance systématique dans les activités de riposte menées à l'échelle nationale. Par exemple, en décembre 2020, l'Afrique du Sud a détecté le variant Bêta, plus transmissible, ce qui a permis au pays de prendre des mesures de santé publique plus adaptées.

« La mise en œuvre des opérations de gestion des données est essentielle pour faire face aux futures flambées de maladies, après la COVID-19. Ces opérations sur les données démontrent que le centre régional devrait renforcer les capacités des pays voisins, afin d'assurer la production et la gestion locales des données », fait observer le Dr Alan Christoffels, directeur du South African National Bioinformatics Institute, qui contribue aux efforts visant à intensifier la surveillance génomique.

Le variant Delta, en partie responsable de la troisième vague qui a touché l'Afrique, et dont les effets s'estompent, a été détecté dans 39 pays africains, tandis que les variants Alpha et Bêta ont été notifiés respectivement dans 45 et 40 pays,. Le variant Alpha a été répertorié dans la majorité des pays d'Afrique du Nord, d'Afrique de l'Ouest et d'Afrique centrale, alors que le variant Bêta est plus répandu en Afrique australe.

Le séquençage génomique pourrait révolutionner la santé publique et améliorer la riposte contre d'autres menaces sanitaires majeures au-delà de la COVID-19. Ces 20 dernières années, cette technique a permis de renforcer les mesures de riposte de la santé publique en Afrique contre l'infection à VIH, la poliomyélite, la rougeole, l'hépatite B et l'hépatite C, le chikungunya, la dengue, l'infection à virus Zika et la fièvre jaune. Les experts estiment que le séquençage génomique peut apporter davantage de solutions.

« La surveillance génétique systématique devrait faire partie intégrante des systèmes de santé en Afrique et, à l'avenir, la mise en place de cette infrastructure doit être inscrite au rang des priorités dans les pays », affirme la Dre Gumede-Moeletsi.

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