El Hadji Malick Sy est né dans le département de Dagana, au Nord du Sénégal. Sa naissance a eu lieu dans le quartier de Daw Fall, à Gaya, en 1855. Descendant du Fouta Toro, de par son grand-père Demba Bouna Sy, El Hadji Malick Sy est orphelin de père à sa naissance et a été élevé par son oncle maternel qui l'a initié à la Tijaniya, une confrérie mystique fondée au Maghreb par Cheikh Sidy Ahmed Tijani (1737-1815).
Après de solides études coraniques entreprises auprès de grands érudits et différents foyers islamiques du Sénégal, entre 1858 et 1870, l'étudiant itinérant se rendit en Mauritanie pour parfaire sa formation. Après ces différentes initiations dans son terroir au Walo, entre autres études auprès d'Abdou Bitèye, à Saldé, ensuite à Thiarène, il devrait poursuivre des études en droit. C'est à l'âge de 18 ans, qu'il devient un professeur complet d'arabe.
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