Si Radama Ier encourage les missionnaires, surtout protestants, à venir dans son royaume pour instruire ses jeunes sujets, il en est autrement de son successeur, Ranavalona Ire. La reine finit d'ailleurs par faire proclamer à Mahamasina, le 1er mars 1835, l'édit qui interdit le christianisme et autorise la persécution des fidèles. Les derniers missionnaires quittent la capitale, le vendredi 22 juillet 1836. Jusqu'à sa mort et l'avènement de son fils, Radama II, l'instruction de son peuple est ralentie.
Mais c'est surtout à partir de Ranavalona II qui, avec son Premier ministre et époux, Rainilaiarivony, se convertit au christianisme, que le protestantisme devient religion d'État. Les missionnaires de cette confession reviennent alors en force, multipliant dans le royaume écoles et temples ou des bâtiments qui font à la fois office d'écoles et de temples. Pour leur part, les missionnaires catholiques s'établissent surtout en pays betsileo et dans certains établissements français, sur les côtes. Puis arrive la seconde guerre franco-merina de 1895 qui aboutit l'année suivante, à l'annexion de Madagascar à la France. Pendant l'époque coloniale, l'organisation de l'enseignement officiel à l'intention des enfants européens, est effectué dès le 24 janvier 1903. En fait, la Colonie prend directement en main l'enseignement des enfants européens. L'organisation de l'enseignement des enfants indigènes n'interviendra que le 25 janvier 1904 et sera revu le 17 janvier 1929.
De plus, un décret est publié le 14 octobre 1933, afin de modifier certains paragraphes et chapitres de ce texte rectificatif. Une structure est ainsi mise en place. En bas de l'échelle se trouve l'enseignement primaire qui se termine par l'obtention du CEPE. Les titulaires de ce certificat peuvent demander leur inscription dans la classe de 6e dans les écoles primaires supérieures. À ce niveau, il y a deux choix pour les élèves : le premier est de préparer le brevet élémentaire ou le brevet supérieur de l'enseignement primaire supérieur ; le second est d'entrer au lycée Gallieni ou au lycée Jules Ferry dans lesquels la fin des études est sanctionnée par le baccalauréat. Jusqu'en 1972, les programmes de l'enseignement à Madagascar sont calqués sur ceux de la France. D'où les questions auxquelles répondent les revendications estudiantines de 1972.
Le décret du 11 décembre 1895 est publié " afin de dispenser un enseignement qui ne mène à rien", de mettre tous les avantages du côté des jeunes européens (gratuité, qualité de l'enseignement) et d'éviter de faire du malgache la langue officielle d'enseignement. L'objectif du décret de février 1897 est d'accorder des faveurs spéciales aux enseignants (exemption du service militaire, gratuité du logement, mise à disposition d'un jardin potager). Et ceux qui refusent la culture malgache peuvent même trouver assez facilement le moyen d'aller en Europe. De plus, si deux enseignants, Européen et Malgache, ont le même diplôme, la même capacité, et travaillent dans un même établissement, le second est nommé adjoint de son collègue qui assume la direction de l'école. Il ne faut pas non plus oublier les fameux Principes que Mannoni dégage en 1950 dans une étude intitulée " Psychologie de la colonisation ". Primo, il est bon d'entretenir chez les Malgaches un esprit de dépendance pour qu'ils se désintéressent des problèmes du pays. Secundo, les programmes scolaires doivent être identiques tant en France que dans la Grande ile. Tertio, il est certain que les jeunes gens qui rentrent de France après des années d'études, perdent le contact avec leurs compatriotes. Quarto, l'étude de l'économie de Madagascar ne doit pas aller à l'encontre des intérêts des autres pays, surtout de la France. Enfin, des bourses doivent être données aux jeunes Malgaches qui ont envie de poursuivre leurs études à l'étranger. Bija Rahajarisoa conclut en 1972 : " À la veille de la naissance de l'École nouvelle... , les tâches qui attendent la nation sont encore immenses (... ) "
