Second administrateur envoyé par la Société de l'Orient pour remplacer Pronis, Étienne de Flacourt arrive au Fort Dauphin, le 4 décembre 1648. Plus heureux que son prédécesseur grâce à son caractère " plus compréhensif et affable ", il parvient en 1652, à faire reconnaitre son autorité et celle de la France à de nombreux villages côtiers. Et le 12 février 1655, Flacourt s'embarque pour la France où l'appellent les intérêts de la petite colonie.
Toutefois, au lieu de la satisfaction si légitime due au mérite de tant de travaux qu'il a accomplis et tant de périls qu'il a courus dans la Grande île, une grande déception l'attend car certains associés de la Compagnie française d'Orient lui mettent des bâtons dans les roues. Ils engagent même leur société à refuser à Flacourt " ce qu'il demande avec une entière justice " (" Ouvrages anciens concernant Madagascar " Alfred et Guillaume Grandidier).
Jusqu'à contester les comptes de son administration qu'il a présentés, " bien qu'ils fussent si pleins de bonne foi pour qu'il y avait employé en recettes, jusques aux dons et aux présents dont les Grands du pays l'avaient régalé et qui se montaient à une somme considérable ". Après un long procès, les associés sont condamnés par ceux mêmes qu'ils ont choisis pour juger Flacourt. Ils doivent affréter un navire pour Madagascar afin de secourir ceux que le gouverneur de la Colonie y a laissé et de ramener en Europe les " particuliers " qui ont terminé leur temps au service de la Compagnie. Mais les associés estiment qu'il faille cherché un autre commandant pour remplacer Flacourt. Quelque temps plus tard, " la raison et leur propre intérêt ", les font changer d'avis et ils supplient Flacourt d'accepter cette commission, " désavouant ainsi toutes les calomnies avec lesquelles ils avaient essayé de noircir sa réputation ".
La nouvelle de ce choix remplit d'une telle allégresse tous ceux qui doivent faire voile avec Flacourt, qu'ils ne peuvent s'empêcher de la témoigner par un feu de joie qu'ils allument à Dieppe, lieu de résidence des associés et port d'embarcation des membres de la nouvelle mission. La Compagnie d'Orient choisit le vaisseau " La Vierge ", commandé par le capitaine Anice de Dieppe. Deux cents personnes s'y embarquent, composées de gens de mer, de soldats, de six religieux dirigés par le R.P. Edme Le Clerc, et de simples passagers. Avant de lever l'ancre, le 20 mai1660, tous les marins de l'équipage se fortifient par les sacrements de l'Église " après avoir expié leurs fautes par une confession générale ".
À peine perdent-ils de vue les murailles de Dieppe- " bordées de peuple qui faisait mille vœux en leur faveur "- qu'une furieuse tempête s'élève et les contraint à relâcher à Plymouth en Angleterre où Étienne de Flacourt est reçu avec honneur. Ils y séjournent huit jours pendant lesquels la Fête-Dieu est célébrée. " Étant dans un navire où l'hérésie domine et s'y rencontrant au milieu de vingt vaisseaux de guerre anglais, ennemis mortels de la foi catholique apostolique romane, les prêtres ne craignaient point d'en faire briller les étendards y ayant fait chanter solennellement la messe et porter continuellement le Saint-Sacrement. " Un vent favorable de Nord-Est met le vaisseau " La Vierge " en mer, le premier jour de juin, au sortir de la Manche. Le navire commence " à courir à droite route, le plus au large qu'il peut, afin d'éviter les pirates qui sont plus fréquents près des côtes qu'en plein océan ".
Toutefois, le dixième jour de juin, arrivés à la hauteur et à environ 100 lieues de Lisbonne, l'équipage et les passagers aperçoivent trois frégates cingler droit sur eux. Ils ont la conviction qu'il s'agit des trois bâtiments hollandais découverts deux jours auparavant. Aussi l'équipage de " La Vierge " ne s'efforce-t-il pas à chercher le salut dans ses voiles. Vers 16 heures, il a, à portée de canon, les trois frégates, montées de trente pièces de canon chacune, commandées par des pirates, l'un de Majorque, l'autre de Bayonne et le dernier de Barcelone. L'un de ces navires porte un pavillon anglais. " Après les demandes et réponses ordinaires d'où était et où allait le navire, le Turc, s'étant dit de Londres et, en signe d'amitié, ayant fait tirer un coup de canon sous le vent, auquel il fut répondu de même, peu à peu et aussitôt qu'il eut gagné l'avantage du vent, il arbora les Croissants de Barbarie, et les deux autres frégates vinrent fondre sur le vaisseau français. "
