De tous les animaux domestiques de Madagascar, le zébu (Bos indicus) est certainement le plus ancien. D'après le scientifique Henri Poisson, en 1935, on en a retrouvé des ossements dans les gisements subfossiles de la Grande ile.
Il précise même que Grandidier donne la description d'une espèce fossile du Bos madagascariensis qui est un zébu. « C'est le même boeuf à bosse qui est actuellement domestiqué par les indigènes. » C'est également l'avis de Filhol pour qui « le zébu est contemporain de l'Aepyornis »
Il fait toutefois remarquer que les surfaces articulaires des os des membres sont moins élargis que dans le type actuel. L'origine du zébu malgache a fait l'objet de nombreux débats. Les uns le classent dans l'espèce Bos indicus. D'autres pensent qu'il appartient à la race africaine Bos africanus. Certains encore placent en Asie son origine primitive et voient son passage en Afrique « où l'espèce se serait légèrement modifiée, puis de là, à Madagascar où l'habitat insulaire l'aurait encore éloigné du type originel ».
Certains de ses caractères sont communs aux zébus de l'Inde et de l'Afrique. Quelques-uns au contraire, n'existent que chez les premiers. D'autres enfin apparaissent à la fois chez les zébus indiens et africains, mais ne se retrouvent pas chez le zébu malgache. Jolaud suppose que le zébu est introduit dans la Grande ile par les Bantous, « avant l'usage du fer et antérieurement aux invasions malayo-mélanésiennes ». Cornevin qui établit une comparaison entre les diverses espèces de boeufs fossiles, prétend qu'il s'agit probablement de différentes formes ou variétés d'un même type et que la souche primitive de bovidés doit être recherchée dans le Sud de l'Asie.
Il existe dans l'ile plusieurs races de zébus dont le nombre varie suivant les auteurs et qui correspondent plus « à des adaptations d'une même souche ou à des sols et à des climats différents qu'à des espèces zoo-techniquement définies », comme les racines bovines européennes. Dans sa thèse, Durieux reconnait deux races, celle de l'Ouest et celle du reste de Madagascar. Pour sa part, Geoffroy suppose que cinq races seraient en présence. Celle du Nord-Ouest et du Centre, est à ossature très développée et relativement haute sur pattes.
La race de l'Ouest, zébu sakalava, se rencontre entre Mahajanga et le Mangoky, et Krick y distingue encore deux sous-races : celle de Port-Bergé et de la Sofia caractérisée par des cornes épaisses, fortes et à croissant très ouvert ; et la variété que l'on rencontre dans tout le Menabe, à cornes longues et souvent en forme de lyre. La race de Vohémar, de taille plus basse, à squelette grêle, à corps plus long, mais plus large du poitrail et de croupe, est une excellente espèce pour la boucherie.
La race de l'Est est disséminée un peu partout le long de la côte orientale, depuis la baie d'Antongil jusqu'aux environs de Farafangana. Elle est de taille plus réduite que les autres. Enfin, la race du Sud se voit dans la région de Tolagnaro, dans les pays mahafaly et bara. Elle est également « de plus petit format » que les races du Nord. Certains chercheurs, enfin, veulent voir des caractères zootechniques dans les variétés du pelage et des robes. Mais là encore, « ces critériums sont sujets à erreurs, car il faut notamment compter avec les migrations des animaux à travers l'ile et avec les très nombreux métissages ».
