Plusieurs auteurs s'intéressent, depuis la fin du XIXe siècle et surtout au début du XXe, à la disparition de la faune et de la forêt malgache ainsi que leur interdépendance avec les transformations climatiques. Certains attribuent la destruction de la faune subfossile à des cataclysmes d'origine volcanique. Tel Jully en 1899, qui étudie le site d'Antsirabe.

« Il semble que tous ces êtres aient été frappés à la place même où ils se trouvaient. Les débris volcaniques, les scories, les morceaux de bois, de branches et de plantes carbonisés racontent ce cataclysme, ce soulèvement, ce bouleversement, cette boursouflure qui vient tout à coup crever au milieu de Madagascar.

Elle fit de l'Ankaratra un formidable anthrax par où, de soixante-dix bouches (nombre de cratères éteints comptés par Mullens), s'écoulèrent des torrents de lave et de boue sur les fonds soulevés des grands lacs dans les sillons creusés par l'écoulement de leurs eaux, ensevelissant les plantes et les animaux... » Perrier de la Bathie ne partage pas cette opinion.

Parlant du site de Marotampona, il signale : « La dépression est postérieure aux coulées de l'Antsifotra, l'un des plus récents des volcans de l'ile et là, comme ailleurs, les phénomènes volcaniques n'ont rien à voir avec la disparition des espèces subfossiles. » D'autres auteurs relient la disparition des subfossiles à des transformations du climat.

Comme Raymond Decary dans sa « Monographie de l'Androy ». « La faune ne peut s'habituer aux conditions de vie nouvelles. Lémuriens, aepyornis, hippopotames, après s'être concentrés aux alentours des points d'eau qui subsistèrent le plus longtemps (Ambovombe, Antsirasira, Ambovitsimahay, Ampotaka) périrent les uns après les autres au bord même de ces mares qui durent constituer leur dernier asile, leurs ossements s'y retrouvant, jonchant le fond ou enfouis dans le sol à une profondeur qui ne dépasse guère un mètre.

Les tortues géantes périrent, seuls les crocodiles subsistèrent tout en se modifiant légèrement. » Ainsi, le changement climatique amène un dessèchement progressif avec comme conséquence directe une modification dans la flore et la faune, et l'établissement du régime subdésertique. « Tel est le processus qui a conduit l'extrême Sud au stade actuel. »

Cependant, dans d'autres régions comme les Hautes-Terres centrales, il est difficile d'invoquer une modification du climat pour expliquer la disparition de ces subfossiles. D'après Battistini et Vérin, il faut admettre une cause plus générale à la disparition de cette faune, « même si dans l'extrême Sud, l'assèchement des mares et des fleuves a pu aussi jouer un jour ». En tout cas, il est vraisemblable que la disparition de la forêt a eu un résultat déterminant dans l'anéantissement de certaines espèces dont les grands lémurs.

Comme le dit Perrier de la Bathie, pour Marotampona, la disparition de la flore et l'extinction de la faune sont deux phénomènes sans doute liés, tout au moins parallèles. « Il est logique que la destruction de la forêt qui a couvert la plus grande partie des Hautes-Terres et de l'Ouest, est à l'origine du déclenchement du processus d'érosion accélérée des sols comme les lavaka, sur des étendues considérables.

« Le milieu aquatique dans lequel vivaient l'hippopotame nain et le crocodile robustus s'est alors trouvé, à coup sûr, brusquement modifié par une augmentation importante de la turbidité. » Pour Battistini et Vérin, il y a sans doute eu, à un degré variable selon les espèces, combinaison de destruction directe et indirecte, « l'homme restant l'agent essentiel ».

« On peut supposer que, dans certaines régions, la faune s'est rassemblée dans les témoins résiduels de la végétation où, confinée dans une biotope de superficie de plus en plus réduite, elle a pu être facilement exterminée par les chasseurs. »

Concernant la disparition de l'aepyornis, « il n'est pas nécessaire de faire intervenir des changements écologiques. Dans l'extrême Sud, le bush couvre encore de très vastes étendues suffisantes pour leur offrir un refuge ». Pour Raymond Decary, comme l'homme, du fait de ses faibles moyens de l'époque, ne peut exterminer ces grands oiseaux, il s'attaque plutôt aux oeufs.

Car « c'est justement au moment où ce grand ratite pullulait le plus, trouvant des conditions de vie optimale, qu'il a disparu avec une rapidité étonnante ». Le ramassage des oeufs aurait pu se faire pour obtenir des récipients autant que de la nourriture. Hébert suggère que les Arabes qui viennent commercer sur la côte Ouest auraient pu stimuler cette collecte.

Quant à la disparition de certains animaux, tels le grand lémur de certaines zones impénétrables et de la vaste forêt orientale ou l'hippopotame des marécages les plus inaccessibles, Battistini et Vérin supposent « que les premiers habitants ont eu un genre de vie chasseur extrêmement actif et efficace ».