Les vrais contacts entre Malgaches et Européens se font progressivement et commencent par des expéditions rapides. Les razzias commerciales naissent de la concurrence entre les Arabes et les Portugais, puis entre les Européens eux-mêmes.
Elles éveillent la méfiance des habitants des côtes. Les escales plus prolongées et l'installation des premiers comptoirs permettent aux nouveaux venus de constater « le caractère doux, aimable, hospitalier même de ces populations », écrivent les auteurs de l'ouvrage d'Histoire pour les lycéens des Terminales. Les témoignages affirment-ils, abondent sur ce point important. Toutefois, le prosélytisme des missionnaires, leurs prédications, ne rencontrent aucun succès.
La solidité des coutumes ancestrales apparait vite aux étrangers. Les Portugais, premiers arrivés, abandonnent aussi les premiers l'espoir de convertir les Malgaches. Ils se désintéressent de la Grande ile après l'expérience malheureuse du R.P. Luis Mariano, au début du XVIIe siècle. Cette résistance des Malgaches à la civilisation occidentale va se poursuivre jusqu'au début du XIXe siècle, favorisée par l'hostilité du milieu géographique sur les franges maritimes de Madagascar. De 1600 à 1810, les établissements européens dans la Grande ile ne rencontrent que des échecs. Au cours du XVIIe siècle, en effet, se déroulent des tentatives d'occupation coloniale sérieuses.
Les Portugais échouent au début du XVIIe siècle dans l'Anosy, dans les grandes baies du Boeny (Ampasindava et Mahajamba) et à l'Ouest, dans le bas-Manambolo. Les Hollandais profitent de leur départ et, dans le second quart du XVIIe siècle, ils pensent trouver à Madagascar les provisions et les esclaves indispensables à l'occupation de l'ile Maurice qu'ils s'efforcent de coloniser.
« L'abandon de Maurice mit pratiquement fin à leur trafic commercial. » Les Anglais connaissent, aux deux extrémités de la côte occidentale, deux échecs cuisants. Dans la baie de Saint-Augustin en 1644, la colonie anglaise dirigée par John Smart, est ruinée en moins d'un an et il n'en reste que douze survivants. À Nosy Be, six ans plus tard, deux tentatives d'occupation échouent aussi rapidement. Les colons du colonel Hunt sont anéantis par les autochtones. Les Français s'efforcent en vain, au cours du troisième quart du XVIIe siècle, de se maintenir sur la côte orientale de l'ile.
En 1642, Pronis, aidé par le commerçant français François Cauche, débarque dans la baie de Manafiafi qu'il baptise Sainte-Luce. Il quitte vite les lieux impaludés pour la presqu'ile d'Itaperina où s'élève, à la fin de 1643, le fragile fort Dauphin. En 1648, Etienne de Flacourt est appelé à remplacer Pronis. Malgré ses capacités et sa force de caractère, le nouveau gouverneur du fort Dauphin connait bien des alternatives d'espoir et d'accablement.
« Il avait, un instant, le sentiment de contrôler la bordure orientale de l'ile. » Les points essentiels du trafic des Français sont Sainte-Marie et Ghalemboule (Fenoarivo-atsinanana) au Nord, les pays de Matitanana au centre, le fort Dauphin au Sud. « Il en conçut un plan d'occupation de Madagascar qu'il devait publier plus tard. » Mais la fragilité de la colonie, l'hostilité du milieu géographique sur la côte, les convoitises réciproques, les brutalités et les exactions « conduisent, malgré la fermeté de son chef, l'établissement vers son déclin ».
Moins de six ans après son arrivée, en 1653, Flacourt essaie en vain de quitter l'ile à bord d'une barque de fortune. Après son départ, en 1658, le fort Dauphin ne cesse de péricliter malgré l'arrivée de contingents assez importants de colons et de soldats, en 1664 et en 1667. Flacourt périt en combattant les Maures, au cours de la traversée de la Méditerranée qui doit le ramener dans l'ile en 1660.
Les expéditions militaires du lieutenant-général Jacob de La Maye vont à l'encontre des intérêts des commerçants du fort. « Décès et massacres de colons compromettent définitivement l'avenir de la colonie. » Le 27 aout 1674, le major La Bretèche l'abandonne et part pour Bourbon avec les soixante-trois survivants. »
