Barthélémy Ngatsono a été nommé sélectionneur des Diables rouges locaux au cours de la session du comité exécutif de la Fédération congolaise de football (Fécofoot) qui s'est tenue le 31 août à son siège.
« Les éliminatoires débuteront dans la deuxième quinzaine du mois de septembre, le comité exécutif a décidé de nommer M. Barthélémy Ngatsono comme sélectionneur de l'équipe du Chan », souligne le communiqué. Il remplace à ce poste Jean Elie Ngoya démis de ses fonctions après la dernière édition du Championnat d'Afrique des nations totalement loupée. Ngatsono retrouve ainsi le poste qu' il avait déjà occupé. Il avait réussi à qualifier le Congo à la phase finale du Chan à trois reprises, le premier exploit en 2014 en éliminant les Léopards de la République démocratique du Congo à Dolisie. Mais, avant la phase finale de la compétition en Afrique du Sud, il a été demis de ses fonctions.
Il revient aux affaires puis il réussit à qualifier de nouveau les Diables rouges à la phase finale du Chan au Maroc 2018. Au cours de cette compétition, le Congo est éliminé en quarts de finale par la Libye au terme d'une séance des tirs au but. Il enchaîne avec une nouvelle qualification au Chan 2021 au Cameroun. Le Congo échoue une fois de plus en quart de finale après la séance des tirs aux buts par le Mali.
Barthelemy Ngatsono assumait également les fonctions du sélectionneur adjoint des Diables rouges A. La fin du contrat de Valdo Candido lui offrait une opportunité d'assurer l'intérim de l'encadrement technique des Diables rouges lors des éliminatoires de la Coupe d'Afrique des nations Cameroun 2021 disputée en 2022. Son histoire avec l'équipe fanion se termina très mal puisqu'après avoir fait jeu égal 0-0 à Brazzaville face au Sénégal, les Diables rouges dont il avait la mission de les qualifier à la phase finale s' inclinait lourdement à Bissau 0-3 face à la Guinée Bissau avant d'être éliminés.
Il a été démis de ses fonctions jusqu'à la nomination de Paul Put l'actuel sélectionneur des Diables rouges A. Chez les A' une nouvelle expérience a été tentée avec Jean Elie Ngoya. Mais lors du Chan 2023 le Congo a été éliminé dès le premier tour avec une défaite contre le Cameroun et un nul contre le Niger. Jean Elie Ngoya a porté plainte contre la Fécofoot au Tribunal arbitral du Sport de la Fédération internationale de football association après avoir été demis de ses fonctions.