Selon le journal français Libération, la fille d'Omar Bongo est convoquée pour un procès à Paris fin janvier. Elle aurait perçu plusieurs millions d'euros de la part d'une entreprise française spécialisée dans les infrastructures, pour accéder à un marché public au Gabon.

Alors qu'ils perquisitionnent en 2019 un cabinet d'avocats parisien dans le cadre de l'affaire des biens mal acquis, les enquêteurs du parquet national financier français mettent la main sur des documents reliant le groupe Egis à Pascaline Bongo.

En 2010 et 2011, Egis route lui aurait promis 8 millions d'euros pour, selon l'enquête, obtenir au Gabon un contrat de conseil pour la création de l'Agence nationale des grands travaux. Selon Libération, Pascaline Bongo aurait accepté cette offre et créé une société à Libreville, en vue d'une rétrocession par Egis d'une partie des honoraires liés à ce contrat.

Les magistrats ont jugé les éléments trouvés suffisamment probants pour la renvoyer devant un tribunal pour « corruption passive d'agent public étranger » aux côtés de six autres personnes, physiques et morales, dont Franck Ping, le fils de son ancien conjoint Jean Ping, et Danyèle Palazo-Gauthier, que Libération présente comme sa « conseillère inséparable », et qui était en possession des documents. Son avocate Corinne Dreyfus Schmidt « conteste » et s'étonne de « poursuites sur des faits très anciens ».

Pascaline Bongo est par ailleurs mise en examen depuis juillet 2022 dans l'affaire des biens mal acquis avec au moins sept de ses frères et soeurs.

À 67 ans, elle ne joue plus de rôle politique officielle, mais l'opposant Albert Ondo Ossa avait assuré qu'elle était « derrière » le coup d'État du général Oligui Nguema.