L'officier était dans le collimateur du ministère malien de la Défense qui a fustigé des passages de son ouvrage Mali : défi du terrorisme en Afrique, qui incrimine l'armée.
C'est à son domicile bamakois que le colonel Apha Yaya Sangaré a été arrêté sans mandat d'amener. Une source militaire justifie : « C'est un militaire, l'arrêt de rigueur est prévu par les textes. Pas besoin de mandat. » Après la publication de son livre intitulé Mali : défi du terrorisme en Afrique, le ministère malien de la Défense avait annoncé des sanctions contre l'auteur.
Plusieurs passages de l'ouvrage ont en effet fortement déplu à la hiérarchie. Citant notamment des rapports d'Associations internationales de défense des droits de l'homme, le colonel écrit : « Depuis 2016, les FDS [Forces de défense et de sécurité, NDLR] se sont livrées à des exactions à l'encontre de personnes accusées de faire partie des groupes terroristes. »
Pour sa défense, ses proches expliquent qu'en fait le livre est en grande partie le résumé de sa thèse de doctorat. Et que par mesure de précaution, il a utilisé le conditionnel pour rapporter les propos d'une organisation comme Human Rights Watch.
À la séance de dédicace de l'ouvrage, au premier rang, un autre colonel, Abdoulaye Maïga, ministre d'État et ami de promotion de l'auteur. Dès l'éclatement de la polémique, il a pris ses distances dans un communiqué.
