L'Organisation mondiale de la Santé (OMS) et ses partenaires ont annoncé 10 projets qui bénéficieront de près de 2 millions de dollars des États-Unis de subventions destinées à améliorer les capacités de surveillance génomique des agents pathogènes.

Le Réseau international de surveillance des agents pathogènes (IPSN) a créé le fonds de subvention catalytique dans le but d'aider les partenaires situés dans les pays à revenu faible ou intermédiaire à renforcer leurs capacités d'analyse génomique des agents pathogènes. Cette technologie analyse le code génétique des virus, des bactéries et d'autres organismes pathogènes afin de comprendre, en conjonction avec d'autres données, leur facilité de propagation et la gravité des maladies qu'ils sont susceptibles de provoquer. Ces données permettent aux scientifiques et aux équipes de santé publique de suivre les menaces liées aux maladies infectieuses et d'y riposter, de contribuer à la mise au point de vaccins et de traitements et de donner aux pays les moyens de prendre des décisions plus rapidement.

Le fonds est hébergé par la Fondation pour les Nations Unies et soutenu par la Fondation Bill & Melinda Gates, la Fondation Rockefeller et le Wellcome Trust.

« Le fonds de subvention catalytique de l'IPSN dispose d'un potentiel considérable pour étendre la surveillance génomique des agents pathogènes pour tout le monde. Et nous le constatons déjà avec la première série de subventions », affirme Sara Hersey, directrice d'Information et veille collaboratives au Centre d'information de l'OMS sur les pandémies et les épidémies. « Nous tenons à soutenir ces travaux, qui jouent un rôle clé dans la prévention des pandémies et des épidémies dans le monde entier. »

« Les lauréats accéléreront la diffusion des avantages de la surveillance génomique des agents pathogènes dans les pays à revenu faible ou intermédiaire, et exploreront de nouvelles applications de la surveillance génomique, telles que la surveillance des eaux usées », précise Manisha Bhinge, vice-présidente de l'Initiative pour la santé à la Fondation Rockefeller. « Les pandémies et les épidémies continuent de représenter une menace mondiale, amplifiée par les changements climatiques. Il est urgent d'assurer un accès équitable à ces outils et capacités afin de protéger les populations vulnérables ».

Ainsi, l'Université américaine de Beyrouth s'appuiera sur la surveillance des eaux usées pour étudier la propagation des maladies au sein des populations de réfugiés, ce qui permettra de veiller à ce que les gens puissent recevoir rapidement les soins et l'aide dont ils ont besoin dans les contextes de migration. L'Institut Pasteur du Laos utilisera quant à lui les fonds pour élaborer de nouvelles méthodes de suivi de la grippe aviaire sur les marchés d'oiseaux vivants, un secteur souvent négligé, mais vital pour des millions de personnes dans le monde.

« Si nous voulons protéger les populations vulnérables des effets dévastateurs des maladies, nous devons d'abord mieux comprendre comment ces agents pathogènes se propagent, évoluent et provoquent des maladies. Ces projets, élaborés dans les pays et adaptés aux priorités locales, généreront de nouvelles idées, connaissances et données qui permettront de suivre les tendances mondiales des agents pathogènes et d'éclairer les décisions fondées sur des données probantes afin de mettre en oeuvre des interventions efficaces », estime Titus Divala, responsable intérimaire des épidémies et de l'épidémiologie au Wellcome Trust.

L'Université fédérale de Rio de Janeiro, au Brésil, utilisera ce financement pour mettre au point un outil bioinformatique à sources ouvertes qui permettra d'effectuer des analyses hors ligne. Cet outil sera testé en Amérique latine, avant d'être potentiellement déployé dans le monde entier, en particulier dans les pays disposant de peu de ressources.

Pour Simon Harris de la Fondation Bill & Melinda Gates : « Le SARS-CoV-2 et les flambées épidémiques régionales qui ont suivi montrent combien l'accès aux outils de surveillance génomique dans tous les pays est important. Les investissements catalytiques de l'IPSN permettront de produire des données et des méthodes innovantes pour soutenir l'expansion indispensable dans les pays à revenu faible ou intermédiaire ».

Les noms des lauréats ont été annoncés lors du Forum mondial des partenaires de l'IPSN qui s'est tenu à Bangkok, en Thaïlande, les 21 et 22 novembre. L'événement a été organisé conjointement par les bureaux régionaux de l'OMS pour l'Asie du Sud-Est et le Pacifique occidental et par le Centre for Pathogen Genomics de l'Institut Doherty, en Australie.

Liste complète des premiers lauréats de la subvention catalytique de l'IPSN :

• National Institute for Health Research (Angola) - "Metagenomic surveillance for epidemic prevention in the DRC-Angola cross-border (FEEVIR Project)"
• Université fédérale de Rio de Janeiro, Brésil - "Development of an offline-capable computational framework for decentralised real-time untargeted pathogen genomic surveillance"
• Laboratoire national de santé publique (Cameroun) - "Integrating surveillance of malaria parasites into the National Public Health Laboratory genomics platform in Cameroon"
• Université évangélique en Afrique (République démocratique du Congo) - "Generating genomic surveillance data of pathogens in Democratic Republic of Congo by extending the Mini-Lab with a Nanopore MinION sequencer"
• Noguchi Memorial Institute for Medical Research, Université du Ghana, Ghana - "Air Sampling Surveillance for Antimicrobial Resistance Monitoring and Pathogens of Public Health Interest"
• Université Ashoka, International Foundation for Research and Education, Council of Scientific and Industrial Research (Inde) - "Quantitative mapping of environmental to clinical AMR via DNA barcoding"
• Institut Pasteur du Laos (République démocratique populaire lao) - "Environmental genomic surveillance of avian Influenza A viruses in high-risk live-bird markets in Laos: an innovative sequencing approach"
• Université américaine de Beyrouth (Liban) - "Wastewater Genomic Surveillance of Underestimated Viral Diarrheal Diseases among Vulnerable and Refugee Populations in Lebanon"
• Centre biomédical du Rwanda (Rwanda) - "Establishing a Rwandan One Health genomic surveillance network for endemic and emerging viral hemorrhagic fevers"
• Institut de recherche médicale de Colombo (Sri Lanka) - "Piloting the application of pathogen genomics for public health and surveillance of foodborne disease"