NAIROBI, SciDev.Net — Selon une équipe de chercheurs, un nouvel outil de diagnostic abordable qui fournit les résultats des tests de dépistage de la COVID-19 en moins d'une heure pourrait aider à renforcer la préparation à la pandémie dans les régions pauvres en ressources.
Le test baptisé RT-LAMP détecte le SARS-CoV-2 (virus responsable de la COVID-19) à partir d'échantillons de salive sans nécessiter d'extraction d'ARN. Ce qui le rend plus rapide et plus abordable que les méthodes traditionnelles, et mieux adapté à une utilisation dans des environnements à faibles ressources.
Outre la COVID-19, l'outil peut également détecter d'autres virus à ARN préoccupants pour la santé publique tels que la dengue, le Zika et le chikungunya, selon les chercheurs qui sont originaires d'Italie, d'Inde, d'Afrique du Sud et de Slovénie.
"Ce travail constitue une étape importante dans le processus de renforcement des capacités de diagnostic durables pour les maladies infectieuses sur le continent africain" Alessandro Marcello, Centre international de génie génétique et de biotechnologie, Trieste, Italie
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Contrairement aux tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR) de référence qui nécessitent un équipement de laboratoire haut de gamme, RT-LAMP peut être utilisé sur le terrain et ne repose que sur une source de chaleur de base.
« Le mérite principal de cette étude réside dans l'évaluation clinique complète et multi-pays d'un outil de diagnostic moléculaire innovant, spécifiquement en Afrique et pour l'Afrique », déclare Alessandro Marcello, responsable de la virologie moléculaire au Centre international de génie génétique et de biotechnologie, à Trieste, en Italie, et l'un des auteurs de l'étude publiée dans The Lancet Global Health.
« Ce travail constitue une étape importante dans le processus de renforcement des capacités de diagnostic durables pour les maladies infectieuses sur le continent africain », ajoute ce dernier qui dirige également Expandia, un réseau de laboratoires destiné à tester des technologies de diagnostic rentables pour les environnements aux ressources limitées.
L'étude a analysé plus de 2 700 écouvillons nasopharyngés et près de 600 échantillons de salive brute collectés au Kenya, en Éthiopie, au Nigéria et en Angola.
Il a été constaté que RT-LAMP avait une sensibilité de 89 % et une spécificité de 95 % dans les échantillons prélevés par écouvillonnage par rapport à la RT-qPCR, et une sensibilité de 80 % et une spécificité de 99 % dans les échantillons de salive non traités.
La sensibilité et la spécificité sont deux mesures clés de la précision d'un test diagnostique ; la sensibilité faisant référence à la capacité d'un test à identifier correctement les personnes atteintes de la maladie et la spécificité faisant allusion à sa précision à identifier celles qui ne le sont pas.
« Ces résultats suggèrent que la RT-LAMP colorimétrique offre un outil évolutif et rentable pour la surveillance des pandémies, en particulier dans les contextes à faibles ressources », affirment les auteurs de l'étude.
Plus précis que les tests antigéniques
Alessandro Marcello souligne que même si RT-PCR reste la référence diagnostique, sa dépendance aux thermocycleurs et aux sondes fluorescentes limite son utilisation dans de nombreuses régions d'Afrique.
En revanche, RT-LAMP amplifie l'ARN viral à température constante et fournit des résultats codés par couleur, visibles à l'oeil nu.
Il est plus précis que les tests antigéniques rapides utilisés pour la COVID-19 dans de nombreuses régions à revenus élevés, en particulier lorsqu'ils sont effectués sur des personnes asymptomatiques ou pour détecter de nouvelles variantes.
Pour tester son application dans le monde réel, l'équipe de chercheurs s'est associée à la Fondation Gates et à New England Biolabs, une société américaine spécialisée dans les sciences de la vie, pour évaluer l'outil dans dix pays d'Afrique subsaharienne.
« Cette initiative impliquait non seulement une validation analytique, mais également des essais cliniques pour évaluer la sensibilité et la spécificité de RT-LAMP dans des conditions réelles, ce qui est essentiel pour l'approbation réglementaire et l'utilisation diagnostique », confie Alessandro Marcello à SciDev.Net.
« Nous n'avons pas limité nos efforts aux études de précision clinique », dit-t-il.
« Nous avons développé un programme complet comprenant un engagement auprès des organismes de réglementation, une surveillance génomique pour garantir la détection des souches virales locales, l'exploration de la fabrication locale de réactifs et la recherche de technologies robustes et peu coûteuses en Inde et en Chine », indique le chercheur.
Résilience
L'équipe de recherche étend désormais l'utilisation de RT-LAMP à d'autres maladies prioritaires en Afrique, notamment les arbovirus tels que la dengue et le Zika.
« En bref, cette recherche est née d'un besoin urgent de santé publique et a évolué vers une initiative à multiples facettes visant à renforcer la préparation au diagnostic et la résilience dans les milieux à faibles ressources », conclut Alessandro Marcello.
Robyn Meurant, consultante principale chez ACT-IVD, un cabinet de conseil en réglementation des diagnostics, estime que ces résultats montrent l'importance de l'autosuffisance en matière de capacité de test à travers l'Afrique.
« Pendant la COVID, le continent s'est retrouvé dans l'incapacité de faire des tests, les fabricants concentrant leurs ventes dans les pays à revenus plus élevés », se souvient cette dernière.
« Le récent retrait du financement du gouvernement américain à de nombreuses organisations telles que l'OMS et l'USAID renforce la nécessité de solutions plus autonomes et durables pour les pays africains », ajoute-t-elle.
Robyn Meurant poursuit en disant qu'étant donné la rareté des capacités de diagnostic haut de gamme, RT-LAMP est « une solution valable et acceptable » qui offre des résultats fiables. « Son utilité dans ce contexte ne peut qu'augmenter », conclut-elle.
