Les relations entre Comores et Madagascar ne sont pas au beau fixe. L'Union des Comores a envoyé une missive pour montrer son regret, suite à la décision du gouvernement malgache de suspendre les liaisons maritimes entre les deux pays. Le prétexte du gouvernement, qu'une épidémie de choléra sévirait actuellement aux Comores, serait

« injustifié ». « Le gouvernement comorien s'interroge, à juste titre, sur le bien-fondé d'une telle décision, étant donné que l'Organisation mondiale de la santé (OMS) n'a émis, à ce jour, aucune alerte pouvant justifier des mesures aussi drastiques et restrictives », selon cette missive envoyée par le ministère des Relations extérieures et de la coopération internationale, chargé de la diaspora, de la francophonie et de l'intégration africaine de l'Union des Comores.

Ce pays regrette également que Madagascar ait négligé l'importance des liens d'amitié et du bon voisinage entre les deux pays, en refoulant le navire comorien Acadie, ayant transporté près de deux cent quatre-vingts personnes, dont des personnes vulnérables, la semaine dernière. Dans cette lettre, le gouvernement comorien rappelle la décision de Madagascar de suspendre les liaisons aériennes entre les deux pays, il y a quatre ans. Il espère que son homologue malgache laisse une place au dialogue.

Le gouvernement malgache a tout de suite réagi à cette missive. Selon un communiqué officiel, Madagascar a annoncé la fermeture « temporaire » de ses frontières maritimes aux transports en provenance des zones touchées par l'épidémie de choléra. Il s'agirait d'une mesure préventive pour garantir la sécurité sanitaire de la population à Madagascar face à cette épidémie, étant donné que les autorités comoriennes ont attesté l'existence de nouveaux cas dans une note émise le 16 octobre. Madagascar ne fera pas marche arrière, cette décision reste en vigueur jusqu'à ce que cette épidémie soit maîtrisée dans les zones touchées par cette maladie hautement transmissible et mortelle.

Le ministère des Affaires étrangères souligne que cette décision « n'altère en rien les relations fraternelles » entre les deux pays et que le gouvernement malgache demeure « pleinement ouvert à toute communication diplomatique » de l'ambassade des Comores à Madagascar. Le gouvernement malgache précise, par ailleurs, que la réouverture des lignes aériennes reliant Comores et Madagascar est en cours de discussion entre les gouvernements respectifs.